Gyakran ismételt kérdések

Általános információk

Mi az OpenBioMaps?

Az OpenBioMaps egy nyílt forráskódú szoftverplatform és szolgáltatásgyűjtemény biológiai adatok kezeléséhez. Segítségével adatbázis-alapú projektek hozhatók létre, amelyeket több felhasználó egyidejűleg, különböző eszközökről és eltérő jogosultsági szintekkel érhet el.

A szervezetek saját OpenBioMaps-szervert üzemeltethetnek. Egyes intézmények üzemeltetett OpenBioMaps-szolgáltatásokat is biztosítanak kutatási vagy közösségi tudományos projektek számára, így a projekteknek nem feltétlenül kell saját szervert fenntartaniuk. Az elérhetőség, a jogosultsági feltételek és a támogatás feltételei az üzemeltető intézménytől függnek.

Mi az OpenBioMaps Consortium?

Az OpenBioMaps Consortium koordinálja a platformmal és annak fejlesztésével kapcsolatos együttműködést.

További információkért lásd: Az OpenBioMaps Consortium.

Hol találhatók meglévő OpenBioMaps-szerverek?

A regisztrált szerverek az OpenBioMaps hálózati adatbázisában találhatók.

Előfordulhat, hogy a lista nem tartalmaz minden önállóan üzemeltetett OpenBioMaps-szervert.

Projektek és regisztráció

Hogyan találhatok vagy hozhatok létre adatbázisprojektet?

A meglévő projektek az OpenBioMaps-szerver projektlistáján vagy a szervert üzemeltető szervezet által biztosított információk alapján találhatók meg.

Ha már tagja egy projektnek, a szerver lehetővé teheti, hogy a webes felületen keresztül új adatbázisprojektet igényeljen vagy hozzon létre. A pontos eljárás és a szükséges jogosultságok a szerver konfigurációjától függnek. Ha a projektlétrehozási funkció nem érhető el a fiókjával, forduljon a szerveradminisztrátorhoz.

Hogyan regisztrálhatok egy OpenBioMaps-projektbe?

A regisztrációhoz általában meghívó szükséges. A projekt konfigurációjától függően a meglévő tagok vagy kizárólag az adminisztrátorok kaphatnak jogosultságot új felhasználók meghívására.

A projektek a bejelentkezési oldalukon meghívásigénylő űrlapot is biztosíthatnak. Ez lehetővé teszi, hogy a leendő felhasználók hozzáférést kérjenek a projektadminisztrátoroktól, de az igénylés elküldése nem biztosít automatikusan tagságot.

Egyes szerverek külső OpenID Connect-szolgáltatón, például a Google szolgáltatásán keresztüli regisztrációt vagy bejelentkezést is támogatnak. Az elérhető szolgáltatók és az, hogy létrehozható-e rajtuk keresztül új fiók, a szerver és a projekt konfigurációjától függ.

Egy adott projekthez való csatlakozással kapcsolatos információkért forduljon annak létrehozóihoz vagy adminisztrátoraihoz.

Adatfeltöltés és hozzáférés

Hogyan tölthetek fel adatokat?

A szokásos módszer egy projektspecifikus adatfeltöltési űrlap használata. Az űrlapok a webes felületen, valamint ha a projekt támogatja, egy OpenBioMaps mobilalkalmazáson keresztül használhatók.

Az űrlapok konfigurációjáról lásd: Feltöltési űrlapok kezelése.

Nagy méretű vagy speciális importálások PostgreSQL-klienssel is végrehajthatók. Közvetlen adatbázis-importálást csak tapasztalt, megfelelő jogosultságokkal rendelkező felhasználók végezhetnek, mert ezek a műveletek megkerülhetik az alkalmazásszintű ellenőrzést és a feltöltési munkafolyamatokat.

Hogyan férhetek hozzá az adatokhoz?

A projekt konfigurációjától és az Ön jogosultságaitól függően az adatok több módon is elérhetők:

• a webes felületen végzett térképes vagy szöveges lekérdezésekkel;

• a webes felület letöltési és exportálási funkcióival;

• adatmegosztási funkciókkal;

• PostgreSQL-klienssel;

• QGIS vagy más kompatibilis GIS-kliens használatával;

• OpenBioMaps API-n keresztül;

• az OpenBioMaps R-csomaggal; vagy

• a PWA térképes lekérdezőalkalmazással.

További információkért lásd: Adathozzáférés, API-dokumentáció és Kliensek.

Milyen adatletöltési lehetőségek érhetők el?

Az elérhető letöltési módszerek a projektben engedélyezett moduloktól és az aktuális felhasználó jogosultságaitól függnek. Ezek a következők lehetnek:

• CSV-, JSON-, KML-, GPX-, SHP- és más exportmodulok;

• hozzáférés QGIS vagy más PostgreSQL/PostGIS-kliens használatával;

• könyvjelzők, mentett lekérdezések és állandó hivatkozások;

• API-alapú lekérés; valamint

• az OpenBioMaps R-csomag.

Egyes projektek jóváhagyáshoz kötik a letöltések elérhetővé tételét. Az exportokra továbbra is érvényesek a projekt rekord- és oszlopszintű hozzáférési szabályai.

Miért láthatnak más felhasználók olyan adatokat, amelyeket én nem tudok lekérdezni?

A rekordok valószínűleg meghatározott felhasználókra vagy csoportokra vannak korlátozva. A projekt feltöltési űrlapjának beállításai meghatározhatják, hogy az adott űrlappal feltöltött rekordokhoz kik kapnak olvasási vagy módosítási hozzáférést.

Ha a rekordokat megfelelő hozzáférési beállítások nélkül töltik fel, előfordulhat, hogy csak a projektadminisztrátorok láthatják őket. A projektadminisztrátorok később módosíthatják a hozzáférési szabályokat, a pontos eljárás azonban a projekt adatbázissémájától és szabálykonfigurációjától függ.

A következő szemléltető SQL-példa hozzáadja a 295 numerikus szerepkör-azonosítót a kiválasztott rekordok olvasási hozzáférési tömbjéhez:

UPDATE mydatabase_rules AS rules
SET read = rules.read || 295
FROM (
    SELECT data.obm_id AS row_id
    FROM public.mydatabase AS data
    LEFT JOIN mydatabase_rules AS existing_rules
        ON data.obm_id = existing_rules.row_id
    WHERE data.observer ILIKE 'Smith%'
) AS selected
WHERE selected.row_id = rules.row_id;

Cserélje le az összes tábla- és oszlopnevet, feltételt és szerepkör-azonosítót a projektnek megfelelő értékekre.

Ez a példa csak azokat a rekordokat frissíti, amelyekhez már tartozik megfelelő szabályrekord. Nem hozza létre a hiányzó szabályokat. Ugyanazt a szerepkört többször is hozzáfűzheti, ha az már megtalálható a tömbben.

Hozzon létre biztonsági mentést, és vizsgálja meg az érintett rekordokat a hozzáférési szabályok frissítése előtt. Amikor csak lehetséges, támogatott adminisztrációs felületen keresztül végezze el a módosítást. A helytelen SQL-módosítások nem szándékosan hozzáférhetővé tehetik vagy korlátozhatják a projektadatokat.

Mobilhozzáférés

Hogyan kérhetek le adatokat mobileszközzel?

A PWA térképes lekérdezőalkalmazás képes lekérdezni a projekt rekordjait, és offline is elérhetővé teheti a korábban lekért rekordokat. Elérhetősége és konfigurációja a projekttől függ.

Az OpenBioMaps terepi adatgyűjtéshez készült mobilalkalmazásokat is biztosít. Az elérhető lehetőségekről lásd: Mobilalkalmazások.

Hogyan használhatom az OpenBioMaps mobilalkalmazást?

Az offline mobilalkalmazás Android- és iOS-eszközökhöz készült. A használat megkezdéséhez:

1. Válassza ki a projektet üzemeltető OpenBioMaps-szervert.

2. Válassza ki a projektet.

3. Jelentkezzen be a projektben használt fiókjával.

4. Online állapotban nyissa meg a szükséges adatgyűjtési űrlapokat, hogy azok letöltődjenek az eszközre.

5. Az űrlapok sikeres letöltése után használja őket offline adatgyűjtésre.

6. Kapcsolódjon újra a hálózathoz, és szinkronizálja az összegyűjtött rekordokat a szerverrel.

Az alkalmazásban megjelenő szerverek és projektek a regisztrált szerverektől, a szerver konfigurációjától és a felhasználó hozzáférési jogosultságaitól függnek.

A korábban megtekintett alaptérképcsempék elérhetők maradhatnak az eszköz vagy a böngésző gyorsítótárában, de az alaptérképek offline elérhetősége nem garantált, kivéve, ha az alkalmazás és a térképszolgáltató kifejezetten támogatja a térképek offline használathoz történő letöltését.

A részletes utasításokért és korlátozásokért lásd: Mobilalkalmazások.

Hogyan férhetek hozzá a mobilalkalmazással készített fényképekhez?

A jogosultságaitól és a projekt konfigurációjától függően a mellékletek a következő módokon érhetők el:

• egyenként, egy rekord adatlapjáról;

• a projektadminisztrációs felület fájlokat tartalmazó lapjáról;

• az elérhető tömeges letöltési funkcióval;

• mellékletek letöltését támogató API-n keresztül; vagy

• a Supervisorban, a jogosultsággal rendelkező adminisztrátorok számára elérhető projektfájl-kezelési funkciókkal.

A pontos lehetőségek az engedélyezett moduloktól és az OpenBioMaps verziójától függnek. A fényképek érzékeny helyadatokat, projektinformációkat vagy személyes adatokat tartalmazhatnak, ezért a letöltött fájlokat biztonságosan kell tárolni és megosztani.

Fejlesztői felületek és kliensek

Van programozható felület a fejlesztők számára?

Igen. Az OpenBioMaps API-kat biztosít a projekt- és felhasználói adatok eléréséhez, a hitelesítési és projektjogosultságok figyelembevételével.

A Project Data Service (PDS) URL-alapú kéréseket támogat. A következő kérés például visszaadja a szerveren elérhető projektlistát:

https://openbiomaps.org/pds.php?scope=get_project_list

A támogatott végpontokról, a hitelesítési követelményekről, a paraméterekről és a válaszformátumokról lásd: API-dokumentáció.

Hol található az OpenBioMaps R-csomag?

Az OpenBioMaps R-csomag fejlesztői verziója az OpenBioMaps obm.r kódtárolójában érhető el.

Éles munkafolyamatban történő használat előtt ellenőrizze a kódtároló dokumentációjában a telepítési utasításokat, az aktuális állapotot és a kompatibilitási információkat.

Nyelvek és közreműködés

Milyen nyelveket támogat az OpenBioMaps?

Az OpenBioMaps lefordított felhasználói felületek és projektspecifikus tartalmak támogatására készült. Az egyes fordítások teljessége eltérhet az alkalmazás összetevői és kiadásai között.

A platform jelenleg több nyelv fordítását tartalmazza, köztük a magyar, angol, román, spanyol, portugál, orosz, német és francia nyelvét. Egyes fordítások hiányosak lehetnek.

Az egyes projektek kiválaszthatják saját nyelveiket, és fordításokat biztosíthatnak a projektspecifikus címkékhez és tartalmakhoz.

Fordításokat az OpenBioMaps fordítási platformján lehet beküldeni.

Hogyan járulhatok hozzá az OpenBioMaps fejlesztéséhez?

A következő módokon járulhat hozzá:

• OpenBioMaps-adatbázisprojekt létrehozásával vagy karbantartásával;

• adatok gyűjtésével vagy projektbe történő feltöltésével;

• OpenBioMaps-szerver üzemeltetésével;

• projektek saját szerveren történő üzemeltetésével;

• új fordítások hozzáadásával vagy a meglévők javításával;

• a dokumentáció javításával;

• hibák bejelentésével és kivizsgálásával;

• szoftverfejlesztési közreműködéssel; vagy

• pénzügyi támogatással.

Adatok vagy kód beküldése előtt tekintse át az érintett projekt szabályzatait és a megfelelő forráskód-tároló közreműködési követelményeit.

Kell fizetnem az OpenBioMaps használatáért?

Az OpenBioMaps szoftvere nyílt forráskódú, és szoftverlicencdíj nélkül használható. A szerverüzemeltetésnek, a projektspecifikus funkciók fejlesztésének, az adatok tárolásának, a támogatás biztosításának és az infrastruktúra karbantartásának azonban lehetnek költségei.

Egyes intézmények díjmentesen üzemeltetnek megfelelő projekteket, míg mások saját feltételeket vagy szolgáltatási díjakat alkalmazhatnak. A részletekért forduljon az érintett szerver üzemeltetőjéhez.

A fejlesztés és a karbantartás önkéntes és finanszírozott munkát egyaránt magában foglal. Az OpenBioMaps fejlesztéséhez nyújtott pénzügyi és természetbeni hozzájárulásokat egyaránt szívesen fogadjuk.

Tárolás, biztonsági mentés és fiók-helyreállítás

Hol tárolja az OpenBioMaps az adatokat?

Minden OpenBioMaps-szerver a saját PostgreSQL-adatbázisaiban és fájltárhelyén tárolja projektadatait. Ezek közé tartozhatnak az adatbázisrekordok, a mellékletek, a projektkonfiguráció, a térképfájlok, a naplók és a létrehozott exportok.

Az OpenBioMaps nem tart fenn egyetlen központi adatbázist, amely minden szerver összes adatát tartalmazza.

Van biztonsági mentési megoldás?

Nincs minden OpenBioMaps-telepítésre kiterjedő központi biztonsági mentési szolgáltatás, mert az adatkezelés decentralizált. Minden szerverüzemeltető felelős a megfelelő biztonsági mentési eljárás megvalósításáért, monitorozásáért és teszteléséért.

Egyes szerverüzemeltetők úgy működnek együtt, hogy titkosított vagy hozzáférés-vezérelt archívumokat tárolnak egymás infrastruktúráján. A biztonsági mentési megállapodások szerverenként eltérnek.

A projekttulajdonosoknak a következőkről érdemes megkérdezniük szerverüzemeltetőjüket:

• a biztonsági mentések gyakorisága és megőrzési ideje;

• az adatbázisok, mellékletek és konfigurációs fájlok mentésbe foglalása;

• a külső helyszínen történő tárolás;

• a titkosítás és a hozzáférés-vezérlés; valamint

• a visszaállítás tesztelésének gyakorisága.

A biztonsági mentés nem tekinthető ellenőrzöttnek, amíg nem állították sikeresen vissza tesztkörnyezetben.

Elvesztettem a jelszavamat. Hogyan állíthatok be újat?

Használja a bejelentkezési oldalon található Lost password hivatkozást.

Adja meg a fiókjához tartozó e-mail-címet, és küldje el az űrlapot. Ha a szerver képes e-mailt küldeni, és a cím egy fiókhoz tartozik, a rendszer egy hivatkozást küld, amelynek használatával hozzáférhet a fiókhoz, és új jelszót állíthat be.

Ha az üzenet nem érkezik meg:

• ellenőrizze a spam vagy levélszemét mappát;

• ellenőrizze, hogy helyesen adta-e meg az e-mail-címet;

• várjon néhány percet, mielőtt újabb üzenetet igényel; valamint

• forduljon a projekt- vagy szerveradminisztrátorhoz.

Biztonsági okokból előfordulhat, hogy a felület nem erősíti meg, hogy az e-mail-cím regisztrálva van-e.

Hibaelhárítás

Miért jelennek meg rózsaszín négyzetek a térképen?

A rózsaszín négyzetek általában azt jelzik, hogy egy térképcsempét vagy réteget nem sikerült megjeleníteni. Lehetséges okok:

• hiba egy MapServer mapfile-ban;

• érvénytelen vagy nem elérhető adatforrás;

• helytelen adatbázis-hitelesítési adatok vagy hálózati beállítások;

• vetületi vagy geometriával kapcsolatos probléma;

• helytelen rétegnév;

• MapServer- vagy MapCache-hiba; vagy

• érvénytelen térképes lekérdezési konfiguráció.

Próbálja meg újratölteni az oldalt, és ellenőrizze, hogy a probléma minden réteget vagy csak egyetlen réteget érint-e. A projekt- vagy szerveradminisztrátoroknak meg kell vizsgálniuk az alkalmazás és a MapServer naplóit, valamint ellenőrizniük kell az érintett mapfile érvényességét.

Adatkezelés

Hogyan törölhetek adatokat?

Előfordulhat, hogy a szabványos OpenBioMaps webes felület nem biztosít általános célú rekordtörlési funkciót. Ha törlésre van szükség, egy jogosultsággal rendelkező adatbázis-adminisztrátor SQL vagy más támogatott adminisztratív munkafolyamat használatával távolíthatja el a rekordokat.

Minden feltöltéshez tartozik egy bejegyzés a rendszer feltöltési metaadataiban. Egy projekttábla rekordjai egy feltöltési azonosító használatával hivatkozhatnak erre a feltöltésre. Ha egy megfelelően beállított, kaszkádolt törlést alkalmazó idegen kulcs összekapcsolja a metaadatokat és az adattáblákat, a metaadatrekord törlése a kapcsolódó rekordokat is törölheti. Nem garantált, hogy ez a kapcsolat létezik, ezért az adatbázisséma vizsgálata nélkül ne hagyatkozzon a kaszkádolt törlésre.

Általában biztonságosabb azonosítani és kifejezetten törölni a szükséges rekordokat. Például:

DELETE FROM your_table
WHERE uploading_id = x;

Cserélje le a your_table, uploading_id és x értékét a projektben használt tényleges táblára, feltöltési hivatkozási oszlopra és feltöltési azonosítóra.

Törlés végrehajtása előtt:

1. Hozzon létre és ellenőrizzen egy adatbázis-biztonsági mentést.

2. Futtasson egyenértékű SELECT lekérdezést, és vizsgáljon meg minden érintett rekordot.

3. Ellenőrizze a kapcsolódó táblákat, mellékleteket, szabályokat és auditkövetelményeket.

4. Amikor célszerű, hajtsa végre a műveletet tranzakcióban.

5. A tranzakció véglegesítése előtt ellenőrizze az eredményt.

6. Rögzítse, hogy ki és miért végezte el a törlést.

A törlés hatással lehet az auditálási előzményekre, a hozzáférési szabályok rekordjaira, a mellékletekre, a kapcsolódó rekordokra, az összesítésekre és a külső másolatokra. Az adatok végleges eltávolítása előtt tekintse át a projekt adatszabályzatát és megőrzési követelményeit.

RUM nyitottsági modell

Mi a RUM?

A RUM a biodiverzitási adatbázisok működési képességeinek és nyitottságának leírására szolgáló RUM/FILH-modell része. Lásd a RUM/FILH: a biodiverzitási adatbázisok szabványosított működésiképesség-modellje című publikációt.

A RUM jelentése:

• R — Read

• U — Upload

• M — Modify

Mindegyik képesség három érték egyikét veheti fel:

Érték	Jelentés	Hagyományos megjelenítési szín
-	Nem nyilvános	Fekete
0	Részben nyilvános	Piros
+	Nyilvános	Zöld

Egy adatbázis például részben nyilvános olvasási hozzáférést, nyilvános feltöltési hozzáférést és nem nyilvános módosítási hozzáférést biztosíthat. A három képességet mindig a projekt részletes hozzáférési szabályzatával együtt kell értelmezni.

DOI-k és hivatkozás

Rendelhető DOI egy adatbázishoz?

Igen. Egy megfelelően stabil és dokumentált állapotban lévő adatbázishoz vagy meghatározott adatkészlethez DOI rendelhető a DataCite DOI-szolgáltatáson keresztül, az OpenBioMaps-szervert üzemeltető szervezet eljárásának megfelelően.

Az OpenBioMaps-adatbázisok DOI-metaadatoldalt biztosíthatnak. Például:

https://dinpi.openbiomaps.org/projects/danubefish/index.php?metadata

Az OpenBioMaps DataCite-előtagja 10.18426. A DOI-utótagok egyedileg jönnek létre.

Egy projekt további DOI-kat is rendelhet az egyes adatkészletekhez. DOI létrehozása előtt ellenőrizze az adatkészlet verzióját, szerzőit, címét, kiadási évét, licencét, hozzáférési feltételeit, kiadóját és a céloldal tartósságát. A DOI-nak olyan állandó céloldalra kell mutatnia, amely elegendő metaadatot és hozzáférési információt tartalmaz.