Bevezetés¶
Miért az OpenBioMaps?¶
A biodiverzitás-kutatás és a természetvédelem egyik legnagyobb kihívása nem a megfigyelések terepi gyűjtése, hanem az összegyűjtött adatok megbízható dokumentálása, kezelése és felhasználása. A terepi megfigyeléseket strukturált módon kell rögzíteni, biztonságosan kell tárolni, ellenőrizni kell a hibáikat, valamint hozzáférhetővé kell tenni őket a későbbi elemzéshez és felhasználáshoz. Ha ezeket a feladatokat egymástól független eszközökkel és manuális folyamatokkal végzik, az adatkezelés szükségtelenül bonyolulttá és időigényessé válhat.
Az OpenBioMaps e probléma megoldására jött létre. Egyetlen rugalmas adatkezelési keretrendszeren belül kapcsolja össze a terepi adatgyűjtést az adatok tárolásával, kezelésével, ellenőrzésével, megjelenítésével, elemzésével és hozzáférhetővé tételével.
A terepi munkát végzők számára ez azt jelenti, hogy a megfigyelések jelentős utófeldolgozás nélkül rögzíthetők és továbbíthatók egy strukturált adatbázisba. A kutatók és adatkezelők számára pedig azt, hogy az adatok egységes rendszer használatával ellenőrizhetők, rendszerezhetők, lekérdezhetők, elemezhetők és megoszthatók. A cél nem a kutatók által használt eszközök lecserélése, hanem azok összekapcsolása egy egységes és reprodukálható munkafolyamatban.
Mi az OpenBioMaps?¶
Az OpenBioMaps egy nyílt forráskódú biodiverzitás-adatkezelési rendszer és keretrendszer, amelyet természetvédelmi szakemberekkel és kutatókkal együttműködésben fejlesztettek ki. Elsősorban élő szervezetek megfigyeléseinek és a hozzájuk kapcsolódó adatoknak a kezelésére készült, különösen a biodiverzitás-kutatás és a természetvédelem területén.
Egy OpenBioMaps-telepítés PostgreSQL-alapú adatkezelési környezetet biztosít, amely az adott projekt követelményeihez igazítható. Az adatbázis szerkezete, az adatrögzítési felületek, a hozzáférési szabályok, a munkafolyamatok és az adatkezelési folyamatok egyaránt a projekt igényeihez alakíthatók.
Az OpenBioMaps üzemeltethető egy szervezet saját szerverén, vagy használható egy megbízható partner által fenntartott szerveren keresztül. Ez lehetővé teszi hosszú távú adatkezelési környezet kialakítását anélkül, hogy a projekt egy központilag irányított adatbázistól vagy egyetlen előre meghatározott adatmodelltől függne.
Az adatgyűjtés és az adatfelhasználás összekapcsolása¶
Az OpenBioMaps egyik központi alapelve, hogy az adatgyűjtést nem szabad elválasztani az adatok későbbi kezelésétől és felhasználásától.
Egy tipikus munkafolyamat a következőket foglalhatja magában:
megfigyelések gyűjtése a terepen;
megfigyelések feltöltése vagy rögzítése az adatbázisban;
az adatok ellenőrzése és dokumentálása;
az adatok rendszerezése és kezelése a projekten belül;
az adatok lekérdezése és szűrése;
az adatok megjelenítése és elemzése külső eszközök, például QGIS vagy R használatával;
kiválasztott adatok közzététele vagy megosztása; valamint
az adatok újbóli felhasználása kutatáshoz, monitorozáshoz, természetvédelmi tervezéshez vagy más célokra.
Mivel ezek a tevékenységek közös adatkezelési környezeten keresztül kapcsolódnak egymáshoz, számos olyan művelet automatizálható, amely egyébként manuális adatátvitelt vagy ismételt adatfeldolgozást igényelne. Ez csökkenti a hibák kockázatát, és lehetővé teszi, hogy a terepi munkát végzők és a kutatók kevesebb időt fordítsanak adminisztratív feladatokra.
Az OpenBioMaps ezért nem pusztán a megfigyelések tárolására szolgáló adatbázis. Keretrendszert biztosít a biodiverzitási adatok köré épülő teljes és reprodukálható adatkezelési munkafolyamat kialakításához.
Az OpenBioMaps megközelítése¶
Az OpenBioMaps megközelítése több alapelvre épül:
Rugalmasság: a projektek saját adatbázis-struktúrákat, adatmezőket, munkafolyamatokat és hozzáférési szabályokat határozhatnak meg.
Integráció: az adatokhoz más rendszerek és eszközök is hozzáférhetnek, illetve az adatok továbbíthatók ezekbe, beleértve a QGIS, az R és a külső adatbázisok használatát.
Reprodukálhatóság: a lekérdezések és az adatfeldolgozás dokumentálhatók, megismételhetők és hivatkozhatók.
Hosszú távú adatkezelés: az adatokat strukturált adatbázis tárolja, így azok nem kötődnek egyedi táblázatokhoz vagy elszigetelt fájlokhoz.
Automatizálás: az ellenőrzés, az adatátvitel és más ismétlődő műveletek automatizálhatók a manuális munka és a hibák csökkentése érdekében.
Nyitottság: az OpenBioMaps nyílt forráskódú szoftvereken alapul, és szabadon hozzáférhető közösségi szolgáltatásokat biztosít.
Decentralizáció: az adatbázisokat független szervezetek üzemeltethetik anélkül, hogy szükség lenne az adatok központi irányítására.
Közösségi fejlesztés: a rendszer fejlesztése és karbantartása kutatókkal, természetvédelmi szakemberekkel és más felhasználókkal együttműködésben történik.
Az OpenBioMaps célja, hogy alkalmazkodjon a változó követelményekhez, ne pedig minden projektre egyetlen rögzített munkafolyamatot kényszerítsen. Egy projekt viszonylag egyszerű adatstruktúrával is elindulhat, majd a monitorozási program, a kutatási kérdések vagy az adatkezelési követelmények fejlődésével együtt bővülhet.
Főbb tulajdonságok¶
Ingyenes és nyíltan hozzáférhető OpenBioMaps-szolgáltatások.
Testreszabható adatbázis-struktúrák, adatrögzítési felületek, munkafolyamatok és hozzáférési szabályok.
Webalapú adatfeltöltés különféle formátumokban (ods, xls, xlsx, gpx, shp, csv stb.).
API-hozzáférés az adatok lekérdezéséhez és feltöltéséhez.
Megismételhető és hivatkozható lekérdezések.
Állandó azonosítók (DOI-k) adatbázisokhoz és lekérdezésekhez.
Adatexportálás különféle formátumokban (shp, csv, gpx, json stb.).
Integráció R, QGIS, távoli adatbázisok és más külső rendszerek használatával.
Integráció terepi mobil adatgyűjtő alkalmazásokkal.
Testreszabható adatkezelési felületek.
Kapcsolatok külső biodiverzitási adatbázisokhoz és platformokhoz, például a GBIF és az iNaturalist szolgáltatáshoz.
Műszaki megvalósítás¶
Az OpenBioMaps projektkonfigurációt, PostgreSQL adatbázis-objektumokat, metaadatokat, feltöltési munkafolyamatokat, hozzáférési szabályokat, lekérdezéseket és külső klienseket összekapcsoló működésének műszaki leírását lásd itt:
Az OpenBioMaps adatfolyama és adatbázis-integrációja
A következő ábrák a lekérdezési séma áttekintését mutatják be:
Lekérdezési séma (PDF) |
Lekérdezési séma (ODP)
OpenBioMaps Consortium¶
Az OpenBioMaps fejlesztését és karbantartását kutatóintézetekből, természetvédelmi szervezetekből és más partnerekből álló konzorcium végzi. A konzorcium koordinálja a szoftverfejlesztést és fenntartja a közösségi szolgáltatásokat.