Szerver beállítások

Supervisor

A Supervisor egy önálló webes alkalmazás az OBM szerver és projektek alacsonyabb szintű beállításainak elvégzéséhez és a frissítések karbantartásához. A Supervisor az OBM szerver telepítése során szintén feltelepül és elérhető URL gyökér címéből, pl. yourserver.com/supervisor/ vagy yourserver.com/supervisor.php

A Supervisor belépési jelszavát az obm_post_install.sh parancs futtatásával újra lehet generálni:

/srv/docker/openbiomaps# /obm_post_install.sh update supervisor

A Supervisor-nak két működési módja van, a rendszer és a projekt. Rendszer módban a rendszer szintű frissítések érhetőek el és a system_vars.php.inc módosítható. Projekt módban a projekt frissítések érhetőek el és a local_vars.php.inc módosítható, illetve a projekthez tartozó olyan adatbázis szintű módosítások, amelyek a projekt létrehozáshoz kapcsolódnak. Továbbá projekt módban rendelkezésre áll egy fájlkezelő, amelyen keresztül a projekt/local mappa tartalmát lehet kezelni. A Supervisor projekt mód elérhető a projekt adminisztrációs felületéről is a projekt rendszergazdái számára.

system_vars.php.inc

Az OpenBioMaps rendszerbeállításai a system_vars.php.inc fájlban találhatók. Ez a Supervisoron keresztül módosítható.

/etc/openbiomaps/system_vars.php.inc

define("OB_DOMAIN",".../biomaps");

define("OB_SYSDIR","/mnt/data/");

define("OB_TMP","/mnt/data/tmp/");

define("OB_ROOT","/var/www/html/biomaps/");

define("OB_ROOT_SITE","/var/www/html/biomaps/root-site/");

define("POSTGRES_PORT","5432");

define("GISDB_HOST",'localhost');     // for creating new project

define("MAPSERVER_HOST",'localhost'); // for creating new project

define("OB_RESOURCES","/var/www/html/biomaps/resources/");

define('biomapsdb_user','...');

define('biomapsdb_pass','...');

define('biomapsdb_name','...');

define('biomapsdb_host','localhost');

// Postgis version - not necessary to set, it only has historical value
define('POSTGIS_V','2.1');

// Default sendmail opetion, can be override in project level in local_vars.php.inc
define('SENDMAIL','smtp'); # sendmail | smtp

// memcache tpye - choose this
define('CACHE','memcache');

// R-Shiny Server ports, for the projects where R shiny server should be enabled
define('RSERVER_PORT_someproject',7982);

// Supported languages
define('LANGUAGES','en,hu,ro');

// bug report system can be activated by put AUTO_BUGREPORT_ADDRESS constant
// ask the issue-key from the gitlab-repo mainteners
define('AUTO_BUGREPORT_ADDRESS','incoming+openbiomaps...');

apache szerver

• cgi-bin beállítások

mapserver

• fastcgi beállítások

• mapcache beállítások

PHP

• memcache beállítások

cron

Van néhány ajánlott cron feladat beállítás (példák):

• docker frissítés

  https://github.com/OpenBioMaps/scripts/tree/master/docker-auto-update

# m h  dom mon dow   command
0 4,16 * * * /srv/docker/openbiomaps/auto_update.sh > /srv/docker/openbiomaps/system_update_job.log

• archiver

  using the https://github.com/OpenBioMaps/scripts/blob/master/obm_archive.sh script (with .archive_list.txt and obm_archive_settings.sh)

# m h  dom mon dow   command
0 2 * * *  /path_to/obm_archive.sh normal
15 2 * * * /path_to/obm_archive.sh system
15 3 1 * * /path_to/obm_archive.sh full
0 5 * * *  /path_to/obm_archive.sh clean
# remote servers
0 4 * * *  /path_to/obm_archive.sh sync remote_user@remote-server.com /remote_path_to_archives

On Docker use the instructions at the end of obm_archive_settings.sh

• Háttérfolyamat futtatás

# m h  dom mon dow   command
*/5 * * * * /path_to/docker-compose -f /srv/docker/openbiomaps/docker-compose.yml exec -u www-data -T app php /var/www/html/biomaps/root-site/projects/PROJECTTABLE/jobs.php