Întrebări frecvente

Informații generale

Ce este OpenBioMaps?

OpenBioMaps este o platformă software open source și o colecție de servicii pentru gestionarea datelor biologice. Aceasta poate fi utilizată pentru a crea proiecte susținute de baze de date, pe care mai mulți utilizatori le pot accesa simultan de pe dispozitive diferite și cu niveluri diferite de permisiuni.

Organizațiile își pot opera propriul server OpenBioMaps. Unele instituții oferă și servicii OpenBioMaps găzduite pentru proiecte de cercetare sau de știință participativă, astfel încât proiectele nu trebuie neapărat să își întrețină propriul server. Disponibilitatea, eligibilitatea și condițiile de asistență depind de instituția care furnizează găzduirea.

Ce este Consorțiul OpenBioMaps?

Consorțiul OpenBioMaps coordonează cooperarea privind platforma și dezvoltarea acesteia.

Consultați Consorțiul OpenBioMaps pentru mai multe informații.

Unde pot găsi servere OpenBioMaps existente?

Serverele înregistrate sunt enumerate în baza de date a rețelei OpenBioMaps.

Este posibil ca lista să nu includă toate serverele OpenBioMaps operate independent.

Proiecte și înregistrare

Cum pot găsi sau crea un proiect de bază de date?

Proiectele existente pot fi găsite prin lista de proiecte a unui server OpenBioMaps sau prin informațiile furnizate de organizația care operează serverul respectiv.

Dacă sunteți deja membru al unui proiect, serverul vă poate permite să solicitați sau să creați un alt proiect de bază de date prin interfața web. Procedura exactă și permisiunile necesare depind de configurația serverului. Contactați administratorul serverului dacă funcția de creare a proiectelor nu este disponibilă pentru contul dumneavoastră.

Cum mă pot înregistra într-un proiect OpenBioMaps?

Înregistrarea necesită în mod normal o invitație. În funcție de configurația proiectului, membrii existenți sau numai administratorii pot avea permisiunea de a invita utilizatori noi.

Un proiect poate oferi și un formular de solicitare a invitației pe pagina sa de autentificare. Acesta permite viitorilor utilizatori să solicite administratorilor proiectului accesul, dar trimiterea unei solicitări nu acordă automat calitatea de membru.

Unele servere acceptă înregistrarea sau autentificarea prin intermediul unui furnizor extern OpenID Connect, precum Google. Furnizorii disponibili și posibilitatea de a crea un cont nou prin intermediul acestora depind de configurația serverului și a proiectului.

Pentru informații despre aderarea la un anumit proiect, contactați creatorii sau administratorii acestuia.

Încărcarea și accesarea datelor

Cum pot încărca date?

Metoda standard este utilizarea unui formular de încărcare specific proiectului. Formularele pot fi utilizate prin interfața web și, atunci când proiectul acceptă această funcție, printr-o aplicație mobilă OpenBioMaps.

Consultați Gestionarea formularelor de încărcare pentru informații despre configurarea formularelor.

Importurile de mari dimensiuni sau specializate pot fi efectuate și cu un client PostgreSQL. Importurile directe în baza de date trebuie efectuate numai de utilizatori cu experiență și cu permisiunile necesare, deoarece acestea pot ocoli validarea și fluxurile de încărcare de la nivelul aplicației.

Cum pot accesa datele?

În funcție de configurația proiectului și de permisiunile dumneavoastră, datele pot fi accesate în mai multe moduri:

• prin interogări cartografice sau textuale în interfața web;

• prin descărcări și exporturi în interfața web;

• prin funcțiile de partajare a datelor;

• cu un client PostgreSQL;

• cu QGIS sau cu un alt client GIS compatibil;

• printr-un API OpenBioMaps;

• cu pachetul R OpenBioMaps; sau

• cu aplicația PWA pentru interogarea hărții.

Consultați Acces la date, Documentația API și Clienți pentru mai multe informații.

Ce opțiuni sunt disponibile pentru descărcarea datelor?

Metodele de descărcare disponibile depind de modulele activate pentru proiect și de permisiunile utilizatorului actual. Acestea pot include:

• module de export CSV, JSON, KML, GPX, SHP și în alte formate;

• acces prin QGIS sau printr-un alt client PostgreSQL/PostGIS;

• semne de carte, interogări salvate și legături permanente;

• preluarea prin API; și

• pachetul R OpenBioMaps.

Unele proiecte necesită aprobare înainte ca o descărcare să fie pusă la dispoziție. Exporturile continuă să fie supuse regulilor proiectului privind accesul la nivel de rând și de coloană.

De ce pot alți utilizatori să vadă date pe care eu nu le pot interoga?

Înregistrările sunt probabil restricționate la anumiți utilizatori sau anumite grupuri. Setările formularelor de încărcare ale unui proiect pot defini cine primește acces de citire sau de modificare la înregistrările încărcate prin formularul respectiv.

Dacă înregistrările sunt încărcate fără setări adecvate de acces, este posibil ca acestea să fie vizibile numai administratorilor proiectului. Administratorii proiectului pot modifica ulterior regulile de acces, dar procedura exactă depinde de schema bazei de date și de configurația regulilor proiectului.

Următorul exemplu SQL ilustrativ adaugă ID-ul numeric de rol 295 în matricea de acces pentru citire a înregistrărilor selectate:

UPDATE mydatabase_rules AS rules
SET read = rules.read || 295
FROM (
    SELECT data.obm_id AS row_id
    FROM public.mydatabase AS data
    LEFT JOIN mydatabase_rules AS existing_rules
        ON data.obm_id = existing_rules.row_id
    WHERE data.observer ILIKE 'Smith%'
) AS selected
WHERE selected.row_id = rules.row_id;

Înlocuiți toate denumirile tabelelor, denumirile coloanelor, condițiile și ID-urile de rol cu valori adecvate proiectului.

Acest exemplu actualizează numai înregistrările care au deja un rând corespunzător în tabelul de reguli. Acesta nu creează regulile care lipsesc. De asemenea, poate adăuga același rol de mai multe ori dacă rolul respectiv este deja prezent.

Creați o copie de siguranță și examinați rândurile afectate înainte de a executa o actualizare a regulilor de acces. Ori de câte ori este posibil, efectuați modificarea printr-o interfață de administrare acceptată. Modificările SQL incorecte pot divulga sau restricționa neintenționat datele proiectului.

Acces mobil

Cum pot prelua date cu un dispozitiv mobil?

Aplicația PWA pentru interogarea hărții poate interoga înregistrările proiectului și poate pune la dispoziție offline înregistrările preluate anterior. Disponibilitatea și configurația acesteia depind de proiect.

OpenBioMaps oferă și aplicații mobile pentru colectarea datelor pe teren. Consultați Aplicații mobile pentru opțiunile disponibile.

Cum utilizez aplicația mobilă OpenBioMaps?

Aplicația mobilă offline este concepută pentru dispozitive Android și iOS. Pentru a începe să o utilizați:

1. Selectați serverul OpenBioMaps care găzduiește proiectul dumneavoastră.

2. Selectați proiectul.

3. Autentificați-vă cu contul dumneavoastră din proiect.

4. Deschideți formularele necesare pentru colectarea datelor în timp ce sunteți online, astfel încât acestea să fie descărcate pe dispozitiv.

5. După ce formularele au fost descărcate cu succes, utilizați-le pentru colectarea offline a datelor.

6. Reconectați-vă la rețea și sincronizați înregistrările colectate cu serverul.

Serverele și proiectele afișate de aplicație depind de serverele înregistrate, de configurația serverului și de permisiunile de acces ale utilizatorului.

Este posibil ca dalele hărții de bază vizualizate anterior să rămână disponibile în memoria cache a dispozitivului sau a browserului, dar disponibilitatea offline a hărții de bază nu este garantată decât dacă aplicația și furnizorul hărții acceptă în mod explicit descărcarea hărților pentru utilizare offline.

Consultați Aplicații mobile pentru instrucțiuni detaliate și limitări.

Cum pot accesa fotografiile realizate cu aplicația mobilă?

În funcție de permisiunile dumneavoastră și de configurația proiectului, atașamentele pot fi accesate:

• individual, de pe pagina fișei de date a unei înregistrări;

• din fila pentru fișiere a interfeței de administrare a proiectului;

• prin funcția disponibilă pentru descărcarea în bloc;

• printr-un API care acceptă descărcarea atașamentelor; sau

• prin funcțiile de gestionare a fișierelor proiectului disponibile administratorilor autorizați în Supervisor.

Opțiunile exacte depind de modulele activate și de versiunea OpenBioMaps. Fotografiile pot conține informații sensibile despre locație, proiect sau persoane, astfel încât fișierele descărcate trebuie stocate și partajate în siguranță.

Interfețe și clienți pentru dezvoltatori

Există o interfață programabilă pentru dezvoltatori?

Da. OpenBioMaps oferă API-uri pentru accesarea datelor proiectelor și utilizatorilor, sub rezerva autentificării și a permisiunilor proiectului.

Project Data Service (PDS) acceptă solicitări bazate pe URL-uri. De exemplu, următoarea solicitare returnează lista proiectelor disponibile pe un server:

https://openbiomaps.org/pds.php?scope=get_project_list

Consultați Documentația API pentru punctele finale acceptate, cerințele de autentificare, parametrii și formatele răspunsurilor.

Unde pot găsi pachetul R OpenBioMaps?

Versiunea de dezvoltare a pachetului R OpenBioMaps este disponibilă în depozitul obm.r al OpenBioMaps.

Consultați documentația depozitului pentru instrucțiunile de instalare, starea actuală și informațiile privind compatibilitatea înainte de a utiliza pachetul într-un flux de lucru de producție.

Limbi și contribuții

Ce limbi acceptă OpenBioMaps?

OpenBioMaps este conceput pentru a accepta interfețe de utilizator traduse și conținut specific proiectelor. Gradul de finalizare a fiecărei traduceri poate diferi între componentele aplicației și versiuni.

Platforma include în prezent traduceri pentru mai multe limbi, inclusiv maghiară, engleză, română, spaniolă, portugheză, rusă, germană și franceză. Unele traduceri pot fi incomplete.

Proiectele individuale își pot selecta propriile limbi și pot furniza traduceri pentru etichetele și conținutul specific proiectului.

Traducerile pot fi adăugate prin platforma de traducere OpenBioMaps.

Cum pot contribui la OpenBioMaps?

Puteți contribui prin:

• crearea sau întreținerea unui proiect de bază de date OpenBioMaps;

• colectarea sau încărcarea datelor într-un proiect;

• operarea unui server OpenBioMaps;

• găzduirea proiectelor pe serverul dumneavoastră;

• adăugarea unor traduceri noi sau îmbunătățirea celor existente;

• îmbunătățirea documentației;

• raportarea și investigarea problemelor;

• contribuții la dezvoltarea software-ului; sau

• oferirea de sprijin financiar.

Înainte de a contribui cu date sau cod, consultați politicile proiectului relevant și cerințele privind contribuțiile ale depozitului de cod sursă corespunzător.

Trebuie să plătesc pentru a utiliza OpenBioMaps?

Software-ul OpenBioMaps este open source și poate fi utilizat fără o taxă de licență software. Totuși, operarea unui server, dezvoltarea funcțiilor specifice proiectului, găzduirea datelor, furnizarea asistenței și întreținerea infrastructurii pot implica anumite costuri.

Unele instituții găzduiesc gratuit proiectele eligibile, în timp ce altele pot aplica propriile condiții sau taxe pentru servicii. Contactați operatorul serverului relevant pentru detalii.

Dezvoltarea și întreținerea includ atât activități voluntare, cât și activități finanțate. Contribuțiile financiare și în natură la dezvoltarea OpenBioMaps sunt binevenite.

Stocare, copii de siguranță și recuperarea contului

Unde stochează OpenBioMaps datele?

Fiecare server OpenBioMaps stochează datele proiectelor sale în propriile baze de date PostgreSQL și în propriul spațiu de stocare a fișierelor. Acestea pot include înregistrări ale bazei de date, atașamente, configurația proiectului, fișiere de hartă, jurnale și exporturi generate.

OpenBioMaps nu întreține o singură bază de date centrală care să conțină toate datele de pe fiecare server.

Există o soluție pentru copiile de siguranță?

Nu există un serviciu centralizat de copiere de siguranță pentru toate instalările OpenBioMaps, deoarece gestionarea datelor este descentralizată. Fiecare operator de server este responsabil de implementarea, monitorizarea și testarea unei proceduri adecvate de copiere de siguranță.

Unii operatori de servere cooperează prin stocarea unor arhive criptate sau cu acces controlat în infrastructura celorlalți. Aranjamentele privind copiile de siguranță diferă între servere.

Proprietarii proiectelor trebuie să solicite operatorului serverului informații despre:

• frecvența și perioada de păstrare a copiilor de siguranță;

• includerea bazelor de date, a atașamentelor și a fișierelor de configurare;

• stocarea în afara locației;

• criptare și controlul accesului; și

• frecvența testării restaurării.

O copie de siguranță nu trebuie considerată verificată până când nu a fost restaurată cu succes într-un mediu de testare.

Mi-am pierdut parola. Cum pot seta una nouă?

Utilizați legătura Lost password de pe pagina de autentificare.

Introduceți adresa de e-mail asociată contului dumneavoastră și trimiteți formularul. Dacă serverul poate trimite e-mailuri, iar adresa aparține unui cont, sistemul va trimite o legătură care poate fi utilizată pentru accesarea contului și setarea unei parole noi.

Dacă mesajul nu sosește:

• verificați dosarul de spam sau de mesaje nedorite;

• verificați dacă ați introdus adresa de e-mail corectă;

• așteptați câteva minute înainte de a solicita un alt mesaj; și

• contactați administratorul proiectului sau al serverului.

Din motive de securitate, este posibil ca interfața să nu confirme dacă o adresă de e-mail este înregistrată.

Depanare

De ce apar pătrate roz pe hartă?

Pătratele roz indică de obicei faptul că o dală sau un strat al hărții nu a putut fi randat. Cauzele posibile includ:

• o eroare într-un fișier mapfile MapServer;

• o sursă de date nevalidă sau indisponibilă;

• date de autentificare incorecte pentru baza de date sau setări de rețea incorecte;

• o problemă de proiecție sau geometrie;

• o denumire incorectă a stratului;

• o eroare MapServer sau MapCache; sau

• o configurație nevalidă pentru interogarea hărții.

Încercați să reîncărcați pagina și verificați dacă problema afectează toate straturile sau numai unul dintre ele. Administratorii proiectului sau ai serverului trebuie să examineze jurnalele aplicației și ale MapServer și să valideze fișierul mapfile afectat.

Gestionarea datelor

Cum pot șterge date?

Este posibil ca interfața web standard OpenBioMaps să nu ofere o funcție generală pentru ștergerea înregistrărilor. Atunci când ștergerea este necesară, un administrator autorizat al bazei de date poate elimina înregistrările prin SQL sau printr-un alt flux administrativ acceptat.

Fiecare încărcare are o intrare corespunzătoare în metadatele de sistem ale încărcărilor. Înregistrările dintr-un tabel al proiectului pot face referire la încărcarea respectivă printr-un identificator de încărcare. Dacă o cheie externă configurată corect, cu ștergere în cascadă, conectează metadatele și tabelele de date, ștergerea rândului de metadate poate șterge și înregistrările asociate. Existența acestei relații nu este garantată, prin urmare nu vă bazați pe ștergerea în cascadă fără a examina schema bazei de date.

De obicei, este mai sigur să identificați și să ștergeți în mod explicit înregistrările necesare. De exemplu:

DELETE FROM your_table
WHERE uploading_id = x;

Înlocuiți your_table, uploading_id și x cu tabelul, coloana de referință a încărcării și ID-ul încărcării utilizate efectiv de proiect.

Înainte de a executa o ștergere:

1. Creați și verificați o copie de siguranță a bazei de date.

2. Executați o interogare SELECT echivalentă și examinați fiecare rând care ar fi afectat.

3. Verificați tabelele, atașamentele și regulile asociate, precum și cerințele de audit.

4. Executați operația într-o tranzacție, acolo unde este posibil.

5. Verificați rezultatul înainte de a confirma tranzacția.

6. Înregistrați cine a efectuat ștergerea și motivul acesteia.

Ștergerea poate afecta istoricul de audit, rândurile cu reguli de acces, atașamentele, înregistrările legate, sintezele și copiile externe. Consultați politica proiectului privind datele și cerințele de păstrare înainte de a elimina definitiv datele.

Modelul de deschidere RUM

Ce este RUM?

RUM face parte din modelul RUM/FILH pentru descrierea capacităților operaționale și a gradului de deschidere al bazelor de date privind biodiversitatea. Consultați publicația RUM/FILH: a standardized operational capability model for biodiversity databases.

RUM înseamnă:

• R — Read

• U — Upload

• M — Modify

Fiecare capacitate poate avea una dintre cele trei valori:

Valoare	Semnificație	Culoarea tradițională de afișare
-	Nu este publică	Negru
0	Parțial publică	Roșu
+	Publică	Verde

De exemplu, o bază de date poate oferi acces de citire parțial public, acces public pentru încărcare și niciun acces public pentru modificare. Cele trei capacități trebuie interpretate întotdeauna împreună cu politica detaliată de acces a proiectului.

DOI-uri și citare

Se poate atribui un DOI unei baze de date?

Da. Unei baze de date sau unui set de date definit, aflat într-o stare suficient de stabilă și documentată, i se poate atribui un DOI prin serviciul DataCite DOI, sub rezerva procedurii organizației care operează serverul OpenBioMaps.

Bazele de date OpenBioMaps pot furniza o pagină cu metadatele DOI. De exemplu:

https://dinpi.openbiomaps.org/projects/danubefish/index.php?metadata

Prefixul DataCite al OpenBioMaps este 10.18426. Sufixele DOI sunt generate în mod unic.

Un proiect poate atribui DOI-uri suplimentare și seturilor de date individuale. Înainte de emiterea unui DOI, verificați versiunea setului de date, autorii, titlul, anul publicării, licența, condițiile de acces, editorul și persistența paginii de destinație. Un DOI trebuie să conducă la o pagină de destinație stabilă, care conține suficiente metadate și informații privind accesul.