OpenBioMaps admin kurzus Infrastruktúra és projekt üzemeltetés

OBM-Insight is an RShiny-based application that allows OpenBioMaps users to explore and analyse the data in their databases. It is a standalone application that can be used individually or as a free service and can connect to any known OpenBioMaps instance. The application retrieves data from remote PostgreSQL databases for the user via a database connection through the OpenBioMaps API.

Kutatók és természevédelmi szakemberek talákozója monitoring programok harmonizációja és kapcsolatépítések érdekében. Bővebben: monitoring-muhely.hu

2022. március 31-én, csütörtökön tartjuk az első OBM találkozó napot, amelyet ezután rendszeresen, havonta tervezünk majd megismételni! Mi lesz ez az OBM találkozó nap? Nos, ez egy olyan kezdeményezés, amelyet a QGIS nyílt napja inspirált, amely elsősorban egy közösségi találkozó lesz, és a korábbi Biológiai Adatbázisok Műhely találkozók kávészüneteiben lezajlott beszélgetések szervezett kiterjesztése lesz. Fejlesztők és felhasználók online találkozója lesz, ahol igényeket, problémákat és ötleteket beszélhetünk meg.

Programterv:
- Beszámoló a legújabb fejlesztésekről
- Kötetlen beszélgetés OBM-hez kapcsolódó témákról

Ez egyelőre csak magyarul lesz, de később, ha lesz rá igény, szervezhetünk angol nyelvű változatot is.

Helyszín: [[ Zoom ]]

IV. Biological databases and data storage workshop

http://zoology.unideb.hu/meetings/BiolAdat-IV/

A találkozó fő témája az adatok tudományos értékelése és felhasználása lesz

• Milyen lehetőségek vannak az alkalmi adatgyűjtések elemzésében?
• Milyen problémái vannak az alkalmi és monitoring jellegű adatgyűjtéseknek?
• Kinek milyen eredményei vannak?
• Melyek a legjobb gyakorlatok az elemzések hasznosulásában?
• Mi kellene ahhoz, hogy jobban elemezhető adataink legyenek?
• Elemzések megosztása

Az OBM terepi adatgyűjtő alkalmazás mostmár iPhone-ra is elérhető!
https://apps.apple.com/hu/app/openbiomaps/id1567285751?l=hu

Dolgozunk
- egy nyelvi fordító felület integrálásán (weblate)
- háttérfolyamatok jobb kezelésén - superspecies integráción

Véget ért a FairPhone verseny, gratulálok Mórocz Attilának a DDNPI munkatársának a győzelemhez és köszönet mindenkinek a részvételért. Jó sok adat került az adatbázisokba a versenynek köszönhetően! :D

Kedves OpenBioMaps felhasználók!

Egy izgalmas versengésre szeretnénk meghívni benneteket, aminek a nyereménye egy FairPhone (a világ egyetlen környezettudatos mobil készülék gyártója) FP3 mobiltelefon. A készülék a gyártótól kapott teszt telefonok egyike, amit kipróbáltunk, teszteltünk és végül nekünk ajándékozta a gyártó.

Aki szeretne részt venni a versenyben kérem küldjön egy levelet az info 'at' openbiomaps.org címre az openbiomaps-ba regisztrált email címéről a szerver/projekt nevével amiben részt vesz - március 1-ig. Lehet több projekttel is versenyezni!

A versenyt a legjobb adatgyűjtő nyeri!

A legjobbat úgy fogjuk értelmezni, hogy egy index értéket számolunk a feltöltött adatok, fajszám és az adatgyűjtési aktivitás figyelembe vételével - időarányosan. Ha több azonos index értékű jelölt jön ki a verseny végén, akkor kisorsoljuk a nyertest!

Lezárult a visszajelzés felület használatára hirdetett verseny, gratulálunk Kovács Istvánnak és Sos Tibornak a Milvus munkatársainak a szép nyereménykönyvükért és köszönjük Büki Józsefnek a könyv felajánlást!
Köszönjük mindenkinek a visszajelzéseket a rendszer működésével kapcsolatban!

Kipróbáltuk a FairPhone3-at!

Ez a telefon a világ egyetlen olyan mobilgyártójának terméke, aki a nyersanyagok beszerzésétől a gyártásig minden részletében törekszik felelős piaci résztvevő lenni.

Az OpenBioMaps alapú terepi adatgyűjtő alkalmazásunk jól használható a FairPhone3 készülékkel. Habár a készülék nem vízálló, de gyári szilikon tokja jól megvédi a sérülésektől azért némi odafigyeléssel terepen is használható. Terepi adatgyűjtéskor a tartósságon túl még a kamera minősége, mobil jelerősség, az akku kapacitás és a GPS vevő minősége fontos. Ennek a készüléknek kiváló a kamerája terepi munkához, elfogadható az akku kapacitása (egy napot végig lehet dolgozni egy feltöltéssel) jó a mobil jel vétele és elég jó a GPS minősége is. Hasonló árú nem környezetbarát készülékkel összehasonlítva akár stabilabb működést is mutatott, de GPS és mobil vételi képességei némileg gyengébbek voltak. Összességében terepi munkára használható készülék, amit ajánlani tudunk azoknak akiknek számít, hogy milyen mobil eszközt használnak.

VI. Kódtábor (IV. Őszi kódtábor) eredményei:
- Háttérfolyamatok kezelő felülete
- OBM Docker csomag frissítése a 11-es Postgres kiadáshoz
- A SuperSpecies használatának beépítése az OpenBioMaps felületbe
- Kinskunsági Nemzeti Park részére egy új szerrver telepítése

OBM tudomány támogatása EOSC számítási kapacítással. Evolúciós Állattani Szemináriumok

Az OpenBioMaps újdonságai, törzstáblák, fejlesztési irányok. TITT ülés.

Az OpenBioMaps használatának tapasztalatai és fejlesztési elképzelései. Hortobágyi Nemzeti Park Természetvédelmi szeminárium sorozata.

Telepíts OpenBioMaps szervert az EGI-EOSC-HUB IM Dashboard felületén keresztül pár klikkeléssel!



EGI IM Dashboard/

OpenBioMaps bemutatkozás a Balatonfelvidéki Nemzeti Parknál

Fajnévkezelési lehetőségek az OpenBioMaps-ban.

Kipróbáljuk a FairPhone3-at!
Ez a telefon a világ egyetlen olyan mobilgyártójának terméke, aki a nyersanyagok beszezésétől a gyártásig minden részletében törekszik felelős piaci résztvevő lenni.
Ami miatt kipróbáljuk az az, hogy OpenBioMaps-os mobil alkalmazás egyre népszerűbb és így valószínűleg hatással kezd lenni a mobil vásárlásokra is. Szeretnénk megtudni, hogy az OBM app jól fut-e ezen a készüléken és egyébként a készülék alkalmas-e terepi adatgyűjtésre?
A tesztelés még tart, ha véget ér, beszámolunk az eredményekről!

Új verzió a google playen!

Kedves OpenBioMaps felhasználók,

Örömmel tájékoztatlak benneteket, hogy az OpenBioMaps szépen növekszik, fejlődik. Azt hiszem lehet azt mondani, hogy túl van már a gyerekkorán.

Számokban kifejezve, hogy ez mit is jelent:

- 10 egymástól független szerver
- 95 projekt
- 955 felhasználó
- 5.613.720 weboldal látogatás
- 72.857 adatrekord megtekintés
- 635.095 adatrekord letöltés
- 85.771 adatfeltöltés
- 54.538 mobiltelefonos feltöltés
- 5.000.000 adatrekord

A rendszer fejlesztését négyen végezzük (+mobil fejlesztők) és a szervereket is mi tartjuk karban, ami elég sok feladat. Emiatt a közösség segítségét szeretném kérni. Segítsetek a hibák megtalálásában! A webes felületen jobb oldalt alul van egy bogár ikon amire kattintva a bejelentkezett felhasználók hiba jelentéseket küldhetnek be.

Az nyeri a versenyt, aki fél év alatt a legtöbb hibát megtalálja és beküldi a hiba beküldő felületen. Csak új, még feltáratlan hibák versenyeznek amelyek bekerülnek a https://gitlab.com/groups/openbiomaps/-/issues felületre és felvettük a leírás alapján a hibalistára.

Az OpenBioMaps dokumentációja is jelentősen fejlődött, mostanra már az egész rendszert lefedi a dokumentáció amely angol és magyar nyelveken érhető el. Egyelőre még nem egyenértékű a két dokumentáció, de mostanra a magyar már többnyire teljesebb mint az angol. A dokumentáció hibáinak és hiányosságainak feltárására is hirdetek egy versenyt amelynek keretében a dokumentáció fejlődéséhez legnagyobb mértékben hozzájáruló felhasználó lesz jutalmazva.

A nyeremények Büki József támogatásából származnak:

- Egy nagyon szép könyv: Merkl Ottó; Vig Károly: Bogarak a Pannon régióban.


- Egy könyvutalvány, amit a "Régi és új természettudományi könyvek" könyvesboltban lehet levásárolni.

A nyeremények megítéléséről a fejlesztői csapat (Gáspár Ákos, Bóné Gábor, Ferenc Attila, Bán Miklós) fog dönteni. A nyeremény hirdetés és átadás az őszi OpenBioMaps találkozón fog megtörténni (ha online lesz, akkor postán)!

Szervíz megállapodás az EGI és az OpenBioMaps között

https://www.egi.eu/news/new-service-level-agreement-egi-and-the-openbiomaps-community/

II. Téli kódnapok


Az idei Téli kódnapok (winter-codecamp) Felsőtárkányban került megrendezésre Ferenc Attila szervezésében január 10-12 között. A házigazdánk a Bükki Nemzeti Park Igazgatóság volt.

Köszönjük Attilának és a BNPI-nek is a lehetőséget! A kódnapokon Gáspár Ákos, Ferenc Attila, Bóné Gábor és Bán Miklós vett részt fejlesztőként.

Eredmények:

1) OpenStreetMap szerverek. Előrébb haladtunk a saját OSM szerver hálózatunk kialakításával. Elkészítettünk egy olyan specifikációt, ami lehetővé teszi bárhol OBM-OSM szerverek létrehozását. Ebben a specifikációban már benne van, hogy projektenként egyéni térképi rétegeket lehet definiálni, amiket így projekt felhasználói elérhetnek a mobiltelefonjukon. Pl. élőhelytérképek légifotó rétegek, állandó megfigyelési helyek, odú helyek, gólyafészkek, stb egyéni rétegként való kiadása.

Elindítottuk a 2. OBM-OSM szerverünket. Elkészült a szerver készítés dokumentációja. Elkészült egy prototípusa annak az API-nak ami majd a mobiltelefon felé szolgáltatja az elérhető térképi adatok listáját (egyéni rétegek + OSM szerverek által publikált rétegek).

Egy-egy OBM-OSM szerver többnyire csak egy-egy régiót fog szolgáltatni. Pl. Magyarország, Románia, .. A szerverek automatikusan frissülnek. A telefonon ki lehet választani majd az egyes területeket és a frissítések letöltését.

2) Törzsadattárak. Ezt még az őszi kódnapokon kezdtük el, de most csak átbeszéltük. A cél, hogy legyen egy minden OBM szerver által és bárki más által is használható nagy közös fajokra vonatkozó információs tár, hogy ne kelljen újra meg újra ugyanazt a munkát elvégezni.

Készítettünk a GitLabon egy publikus adat táblát ami fajneveket és hozzárendelt információkat tartalmaz. Ez egy nagy tábla és az oszlopokban a fajnév után lehetnek taxonomóiai besorolások, csoportosítások, védettségre vonatkozó információk, ilyesmik. Ez a nagy tábla automatikusan épül fel egy vagy két oszlopos "atomic" táblákból. Kétoszlopos tábla esetén a fajnév az egyik oszlop, míg a másik egy oszlopa a nagy táblának, pl. védettség. Az egyoszlopos táblák csak fajneveket fognak tartalmazni és true/false értékkel töltik ki a nagy táblát. Ez tipikusan checklistek és egyszintő kategória jellemzőkre lesz használatos.

Ezek az atomic táblák egyénileg szerkeszthetők lesznek integrálhatóan más alkalmazásokba.

3) Szerver frissítés. Az OBM átállt PHP 7.x és Postgres 11-re. A szerverek egy résztét már átállítottuk Postgres 11-re. PHP7 mindenütt át lett állítva.

4) Projektenkénti egyéni mobil alkalmazás elkészítésének lehetőségét kezdtük el kidolgozni, ami azóta elkészült. Az egyéni mobil-app azt jelenti, hogy minden egyes projekt az aktuális legújabb mobil-app kiadásból tud egyéni változatot készíteni magának bizonyos paraméterek megadásával: Ki lehet cserélni a háttérképet, át lehet szabni a főképernyő menüjét. Ki lehet kapcsolni a szerverválasztás és projektválasztást. A kísérleti nyúl a DDNPI hóvirág projektje lesz, ami rövidesen indul.

5) Projekt export-import modul. Ez majd lehetővé teszi projektek költöztetését szerverek között. Egyelőre nem lesz befejezve.

6) Custom-box - HRSZ Query modul módosítások, javítások és dokumentáció készítése. A BNPI-nél most már van HRSZ és Erdőrészlet kereső/lekérdező felület is ezzel a modullal!

7) Hiba javítások:
- feltöltő tábla
- text-filte modul

8) SHP Export modul készült

9) Eredmény táblák dinamikus oszlop méretezésének lehetősége.

III. Biológiai adatbázisok és adattárolás találkozó
http://zoology.unideb.hu/meetings/BiolAdat-III/

III. Őszi kódnapok

Biological databases and data storing pre-congress meeting: Course and code-camp

OpenBioMaps kurzus és terepgyakorlat

THE EU BIODIVERSITY STRATEGY BEYOND 2020 Research insights and needs for biodiversity and ecosystem services in Europe Workshop: The policy implications of citizen science: how citizen science could support better policy formulation, implementation and assessment.

A Fertő-Hanság Nemzeti Park csatlakozott az OpenBioMaps Konzorciumhoz

On the importance of sustainable online biodiversity data and the role of OpenBioMaps in this

NBMR ülés: "Mi az OpenBioMaps?" by Sándor Bérces

"OpenBioMaps: fenntartható környezet biológiai adatoknak" by Balázs Bozoki

I. Téli kódnapok

Adatlekérdezések, térképi felület használat kurzus a Hortobágyi Nemzeti Park munkatársai részére

bevezető és projekt adminisztráció

Admin kurzus a DINPI-nél A program terv:

• Új projekt létrehozása és beállításai
• Újdonságok az OBM 3.1-ben
• Modul beállítások
• Űrlapok beállítási és használati érdekességei

Az OBM bemutatása a Hortobágyi Nemzeti Park munkatársainak (Gáspár Ákos)

Working on the OBM docker edition

Working on the OBM docker edition

Az OBM mobil-app kikerült a Google-Playre

Working on the OBM docker edition

Working on the OBM docker edition

Adatlekérdezések és térképi felület használat kurzus a Bükki Nemzeti Park munkatársai részére (Ferenc Attila).

Working on the OBM docker edition

Working on the OBM docker edition

Docker & Lando

project management

Docker & Lando

A Flóraatlaszon és a Fertő-Hanság Nemzeti Park adatbázisán dolgozunk

Working on OBM-Docker

II. Biológiai adatbázisok és adattárolás workshop

Kedves kollégák!

Úgy érzem, hogy egy nagyon sikeres workshopot sikerült összehoznunk! Ez úton szeretném mindenki részvételét és hozzájárulását megköszönni! Külön köszönetet szeretnék mondani a Fertő-Hanság Nemzeti Park dolgozóinak a programot lehetővé tévő kiváló háttérmunkájukért és szeretném megköszönni az előadóknak, hogy elfogadták a meghívásokat. Úgy érzem sikerült a tervezett tematikát követnünk és hasznos példákat tudtunk egymásnak mutatni és jó ötleteket is tudtunk gyűjteni.

Nagyon örülök neki, hogy a leépítések miatti feszült hangulat nem űlt rá workshopunkra és sikerült a jövő feladataira koncentráltunk. Azt hiszem, sok jó ismeretség és együttműködés vette ebben a pár napban a kezdetét.

Ennek a workshopnak nem titkolt főszereplője az OpenBioMaps projekt volt, mégpedig azért mert már két éve folyton visszatérő téma volt, hogy szervezzünk egy OpenBioMaps-os találkozót. Úgy gondolom (habár nagyon elfogult vagyok a témával kapcsolatban), hogy ennek most már tényleg ideje volt és érdemes volt ennyit beszélni róla, de úgy látom, hogy különösen fontos, hogy az OBM-en túl is foglalkoztunk a biológiai adatok kezelésének különböző szintjeivel. Ennek jegyében a legközelebbi Biológiai adatbázisok workshopot már el is kezdtük tervezni, ahol remélem, majd már nemzetközi szinten fogunk beszélgetni a biodiverzitási - természetvédelmi és kutatási adatok gyűjtéséről, tárolásáról és megosztásáról.

A kurzusuk kapcsán is születtek tervek (köszönet a visszajelzésekért!). A projekt admin kurzust kissé átalakított formában újra megtartom a DINPI-nél valamikor a közeljövőben. Ezt megszervezzük a DINPI-s kollégákkal és küldünk róla értesítést, lehet majd rá jelentkezni. Ezen kívül Gáborik Ákossal beszéltem meg egy Debreceni projekt-admin gyakorló napot november 21-re. Ezen a napon egyéni munka lesz saját szgépekkel saját projekteken! A hely ami rendelkezésre áll igen kicsi, úgyhogy max 3-4 további jelentkezőnek tudok helyet biztosítani.

Még egy kis OBM. Szombat reggel számolgattam magamban, hogy vajon mennyi ember mennyi munkája is van az OpenBioMaps projekt mögött és arra jutottam, hogy legalább 30 ember 15 ezer munkaórája. Valószínű, hogy ezt még alul is becsültem. Szóval ez tényleg egy közösségi építésű projekt és tényleg számít minden visszajelzés, minden ötlet, gondolat! Csak így tovább! Aki például még emlékszik "ezt írja fel valaki, jó ötlet" felkiáltásokra a workshopról, mármint, hogy mik voltak a jó ötletek, legyen szíves küldje el. Néhányra szerencsére emlékszem és a mobil appos beszélgetéskor pedig jegyzeteltem, de kurzuson sajnos nem tudtam.

CodeCamp: jól haladtunk a workshop keretében meghirdetett II. OBM CodeCampen a kitűzött célok megvalósításában. Az első nyilvánosan meghirdetett ilyen CodeCamp most szeptemberben volt és azon is négyen vettünk részt (Gáspár Ákos, Ferenc Attila, Bóné Gábor és én) mint most. Úgy tűnik, hogy ez egy hatékony formája a komplex problémák megoldásának és a közös tanulásnak is. Emiatt máris tervezzük a következő CodeCamp-et ami valamikor februárban lesz (Erdélyben) és Gábor szervezi.

A pénteki előadások és kivonatok itt megtalálhatóak: előadások itt

II. Őszi kódnapok

Az OpenBioMaps ismertetése az Őrségi Nemzeti Park munkatársai részére

I. OpenBioMaps " Őszi kódnapok "
Program terv:
- Bükki Nemzeti Park szerverének telepítése,
- Webes felület fejlesztési tervek megbeszélése,
- SpatiaLite támogatás fejlesztése.

A Duna-Dráva Nemzeti Park csatlakozott az OpenBioMaps konzoriumhoz

Románia legnagyobb nemkormányzati nyílt hozzáférésű biológiai adattárai. 19. Kolozsvári Biológus Napok (Marton Attila, Bóné Gábor, Hegyeli Zsolt, Kovács István, Nagy András Attila, Sos Tibor, Bán Miklós)

DINPI Adatfeltöltés hogyan kurzus

OpenBirdMaps o bază de date dedicată colectării și publicării de observații ale păsărilor sălbatice din România

Bevezető és adatbázis kezelés kurzus a Duna-Dráva Nemzeti Park munkatársai részére.

Fertő-Hanság National Park: OpenBioMaps management and usage.

BID-REX Interreg meeting.

in Hungarian National Workshop on Open Science. Miklós Bán was an invited speaker related to OpenBioMaps project. http://www.open-access.hu/hir/20171107_hungarian-national-workshop-open-science

XI. Magyar Természetvédelmi Biológiai Konferencia

OA hét: Zárt adatok nyílt rendszerben. OpenBioMaps: modell rendszer a nehezen hozzáférhető biodiverzitás kutatási alapadatok kezelésére. (Bán Miklós)

OA hét: Zárt adatok nyílt rendszerben. OpenBioMaps: modell rendszer a nehezen hozzáférhető biodiverzitás kutatási alapadatok kezelésére.

Evolúciós Állattani Szemináriumok - Nyitott és zárt adatbázisok kutatási és természetvédelmi adatoknak: OpenBioMaps

Thor Bootcamp - Permanent IDentifiers on OpenBioMaps (an open conversation and research data management system)

Evolúciós Állattani Szemináriumok

Working on the plover database

Working on the Sex Ratio Evolution metadatabase

Milvus database migration and developer meeting

Bevezetés, adatok feltöltése és visszakeresése a webes felületen keresztül, R-ben és QGis-el (Bán Miklós)

Lószúnyog (Tipulidae, Diptera) fauna regionális elemzése a romániai Kárpátokban. 18th Kolozsvári Biológus Napok. Veres Róbert, Keresztes Lujza, Kolcsár Levente-Péter

Cross-platform Mobile Development for Spatial Biological Databases. 10th International Conference on Applied Informatics. Csaba Szugyiczki, Viktória Kurják, Gergely Kovásznai and Miklós Bán

DINPI OpenBioMaps szerver beüzemelés és adatbázis migráció

Platformfüggetlen mobil alkalmazás fejlesztés az OpenBioMaps projekt keretében. OTDK házidorduló, Kurják Viktória előadása

OpenBioMaps bemutató

I. OpenBioMaps munkaértekezlet

OpenBioMaps - technical background, Bán Miklós

OpenBioMaps - an open tool for conservation and science

Nyílt adatok a tudományban és a természetvédelemben. Biológus napok - Bán Miklós, Bérces Sándor

Csatlakozott az OpenBioMaps Konzorciumhoz az Eszterházy Károly Egyetem (EKTF/EKE)

A konzorcium első online találkozója.

OpenBioMaps - a publikus adatgyűjtés és adatbányászat eszköze a vadon élő állatok elpusztulási adatainak példáján keresztül. Tudománynap DAB, Debrecen, Bán Miklós

Duna-Ipoly Nemzeti Park Park, Debreceni Egyetem, Eötvös Loránd Tudományegyetem, WWF

Milvus database development

Milvus database meeting

A biodiverzitási információk gyűjtéséről és megosztásáról, Bán Miklós, Magyar Tudomány

IX. Magyar Természetvédelmi Biológiai Konferencia, Egy poszter az OpenBioMapsról (Bérces Sándor & Bán Miklós)

I. Biológiai adatbázisok és adattárolás munkaértekezlet.
http://zoology.unideb.hu/meetings/BiolAdat-I/

Konzorcium előkészítési találkozó

OpenBioMaps: Szabad felhasználású, webes, GIS adatbázisok élőlények elterjedési adatainak nyilvántartására.
Nyílt forráskódú tériformatika munkaértekezlet, BME Általános- és Felsőgeodézia tanszék. Bérces Sándor & Bán Miklós

Szabadon elérhető és ingyenesen használható GIS adatbázis keretrendszer biológiai kutatások számára, Ökológus TEA, Bán Miklós, Bérces Sándor

Open access and free GIS database framework for biological studies. EUROPARC Conference 2013, Workshop 03 Nature that counts - Monitoring biodiversity, Bán Miklós & Bérces Sándor

Szabadon használható webes biológiai térképi adatbázisok. 4. Térinformatikai Konferencia és Szakkiállítás „Az elmélet és gyakorlat találkozása”, Bán Miklós & Bérces Sándor

Az OpenBioMaps ötletének első bemutatkozása: Szabadon használható webes térképi adatbázisok, Ökológus kongresszus, Bán Miklós & Bérces Sándor