OpenBioMaps admin course Infrastructure and project management

OBM-Insight is an RShiny-based application that allows OpenBioMaps users to explore and analyse the data in their databases. It is a standalone application that can be used individually or as a free service and can connect to any known OpenBioMaps instance. The application retrieves data from remote PostgreSQL databases for the user via a database connection through the OpenBioMaps API.

A meeting of researchers and conservation professionals to harmonise monitoring programmes and build links.
More info: monitoring-muhely.hu

On Thursday, 31 March 2022, we will hold the first OBM meeting day, which we plan to repeat regularly every month thereafter! What will this OBMeeting Day be? Well, this is an initiative inspired by the QGIS Open Day, which will be primarily a community meeting and an organised extension of the discussions that took place in the coffee breaks of the previous Biological Databases Workshop meetings. It will be an online meeting place for developers and users to discuss needs, problems and ideas.

Programme plan:
- Report on the latest developments
- An informal discussion on OBM-related topics

This will be in Hungarian only for the time being, but an English version may be organised later if there is demand.

Location: [[ Zoom ]]

IV. Biological databases and data storage workshop

http://zoology.unideb.hu/meetings/BiolAdat-IV/

The main topic of the meeting will be the scientific evaluation and use of the data

• What are the options for analyzing occasional data collection?
• What are the problems with occasional and monitoring data collection?
• Who has what results?
• What are the best practices for utilizing analyzes?
• What would we need to have more analyzable data?
• Sharing analytics

The OBM field data collection app is now available for iPhone!
https://apps.apple.com/hu/app/openbiomaps/id1567285751?l=hu

We are working on
- integration of a localization interface (weblate)
- better job management
- superspecies integration

The FairPhone competition is over, congratulations to Attila Mórocz, DDNPI employee, for the victory and thanks to everyone for participating. A lot of data has been added to the databases thanks to the competition! : D

Dear OpenBioMaps users!

We would like to invite you to an exciting competition, the prize of which is a FairPhone (the only environmentally conscious mobile device manufacturer in the world) FP3 mobile phone. The device is one of the test phones we received from the manufacturer, which we tried, tested and finally donated to us by the manufacturer.

If you want to participate in the competition, please send an email to the info 'at' openbiomaps.org from the email address registered in openbiomaps with the name of the server / project you are participating in - by March 1st. You can compete with several projects!

The best will be interpreted as calculating an index value taking into account the data uploaded, the number of species and the data collection activity - pro rata temporis. If more than one candidate with the same index value comes out at the end of the competition, the winner will be drawn!

The competition for the use of the feedback interface is over, congratulations to István Kovács and Tibor Sos for their nice prize book and thanks to József Büki the book offering!
Thanks to everyone for the feedback on how the system works!

We tried FairPhone3!

This phone is the product of the only mobile manufacturer in the world that strives to be a responsible market player in every detail from sourcing raw materials to manufacturing.

Our OpenBioMaps-based field data collection application works well with the FairPhone3. Although the device is not waterproof, its factory silicone case protects it well from damage, it can be used in the field with some care. When collecting data in the field, in addition to durability, camera quality, mobile signal strength, battery capacity and the quality of the GPS receiver are also important. This device has an excellent camera for fieldwork, acceptable battery capacity (you can work with one charge for a day), good mobile signal reception and good GPS quality. It showed even more stable performance compared to a similarly priced non-eco-friendly device, but its GPS and mobile reception capabilities were somewhat weaker. Overall, it is a field device that we can recommend to those who care what kind of mobile device they are using.

Results of the VI. OBM CodeCamp which is the IV. Autumn coding
- Job management interface
- OBM Docker imgage updated to use Postgres 11
- Using SuperSpecies in OpenBioMaps
- New server installed for Kiskunság National Park

Supporting OBM for science with EOSC computing capacity

News and development directions of OpenBioMaps.

Experiences and development ideas for using OpenBioMaps

Install OpenBioMaps server via EGI-EOSC-HUB IM Dashboard with a few clicks!



EGI IM Dashboard/

Introduction of OpenBioMaps at the Balatonfelvidéki National Park

Species name management options in OpenBioMaps.

We are testing the FairPhone3!
This phone is the product of the only mobile manufacturer in the world that strives to be a responsible market player in every detail from the sourcing of raw materials to production.
We’re testing it because the OpenBioMaps mobile app is becoming more popular and so it’s likely to have an impact on mobile purchases as well. We want to know if the OBM app is running well on this device and otherwise the device is suitable for field data collection?
Testing is still ongoing, when it is over, we will report the results!

New version on the Google-Play!

Kedves OpenBioMaps felhasználók,

Örömmel tájékoztatlak benneteket, hogy az OpenBioMaps szépen növekszik, fejlődik. Azt hiszem lehet azt mondani, hogy túl van már a gyerekkorán.

Számokban kifejezve, hogy ez mit is jelent:

- 10 egymástól független szerver
- 95 projekt
- 955 felhasználó
- 5.613.720 weboldal látogatás
- 72.857 adatrekord megtekintés
- 635.095 adatrekord letöltés
- 85.771 adatfeltöltés
- 54.538 mobiltelefonos feltöltés
- 5.000.000 adatrekord

A rendszer fejlesztését négyen végezzük (+mobil fejlesztők) és a szervereket is mi tartjuk karban, ami elég sok feladat. Emiatt a közösség segítségét szeretném kérni. Segítsetek a hibák megtalálásában! A webes felületen jobb oldalt alul van egy bogár ikon amire kattintva a bejelentkezett felhasználók hiba jelentéseket küldhetnek be.

Az nyeri a versenyt, aki fél év alatt a legtöbb hibát megtalálja és beküldi a hiba beküldő felületen. Csak új, még feltáratlan hibák versenyeznek amelyek bekerülnek a https://gitlab.com/groups/openbiomaps/-/issues felületre és felvettük a leírás alapján a hibalistára.

Az OpenBioMaps dokumentációja is jelentősen fejlődött, mostanra már az egész rendszert lefedi a dokumentáció amely angol és magyar nyelveken érhető el. Egyelőre még nem egyenértékű a két dokumentáció, de mostanra a magyar már többnyire teljesebb mint az angol. A dokumentáció hibáinak és hiányosságainak feltárására is hirdetek egy versenyt amelynek keretében a dokumentáció fejlődéséhez legnagyobb mértékben hozzájáruló felhasználó lesz jutalmazva.

A nyeremények Büki József támogatásából származnak:

- Egy nagyon szép könyv: Merkl Ottó; Vig Károly: Bogarak a Pannon régióban.


- Egy könyvutalvány, amit a "Régi és új természettudományi könyvek" könyvesboltban lehet levásárolni.

A nyeremények megítéléséről a fejlesztői csapat (Gáspár Ákos, Bóné Gábor, Ferenc Attila, Bán Miklós) fog dönteni. A nyeremény hirdetés és átadás az őszi OpenBioMaps találkozón fog megtörténni (ha online lesz, akkor postán)!

New service agreement: EGI and the OpenBioMaps community

https://www.egi.eu/news/new-service-level-agreement-egi-and-the-openbiomaps-community/

II. Winter Coding


This year's Winter-codecamp was held in Felsőtárkány, organized by Attila Ferenc, between January 10-12. Our host was the Bükk National Park Directorate.

Thanks to Attila and BNPI for the opportunity! Ákos Gáspár, Attila Ferenc, Gábor Bóné and Miklós Bán took part in the code days as developers.

Results:

1) OpenStreetMap szerverek. Előrébb haladtunk a saját OSM szerver hálózatunk kialakításával. Elkészítettünk egy olyan specifikációt, ami lehetővé teszi bárhol OBM-OSM szerverek létrehozását. Ebben a specifikációban már benne van, hogy projektenként egyéni térképi rétegeket lehet definiálni, amiket így projekt felhasználói elérhetnek a mobiltelefonjukon. Pl. élőhelytérképek légifotó rétegek, állandó megfigyelési helyek, odú helyek, gólyafészkek, stb egyéni rétegként való kiadása.

Elindítottuk a 2. OBM-OSM szerverünket. Elkészült a szerver készítés dokumentációja. Elkészült egy prototípusa annak az API-nak ami majd a mobiltelefon felé szolgáltatja az elérhető térképi adatok listáját (egyéni rétegek + OSM szerverek által publikált rétegek).

Egy-egy OBM-OSM szerver többnyire csak egy-egy régiót fog szolgáltatni. Pl. Magyarország, Románia, .. A szerverek automatikusan frissülnek. A telefonon ki lehet választani majd az egyes területeket és a frissítések letöltését.

2) Törzsadattárak. Ezt még az őszi kódnapokon kezdtük el, de most csak átbeszéltük. A cél, hogy legyen egy minden OBM szerver által és bárki más által is használható nagy közös fajokra vonatkozó információs tár, hogy ne kelljen újra meg újra ugyanazt a munkát elvégezni.

Készítettünk a GitLabon egy publikus adat táblát ami fajneveket és hozzárendelt információkat tartalmaz. Ez egy nagy tábla és az oszlopokban a fajnév után lehetnek taxonomóiai besorolások, csoportosítások, védettségre vonatkozó információk, ilyesmik. Ez a nagy tábla automatikusan épül fel egy vagy két oszlopos "atomic" táblákból. Kétoszlopos tábla esetén a fajnév az egyik oszlop, míg a másik egy oszlopa a nagy táblának, pl. védettség. Az egyoszlopos táblák csak fajneveket fognak tartalmazni és true/false értékkel töltik ki a nagy táblát. Ez tipikusan checklistek és egyszintő kategória jellemzőkre lesz használatos.

Ezek az atomic táblák egyénileg szerkeszthetők lesznek integrálhatóan más alkalmazásokba.

3) Szerver frissítés. Az OBM átállt PHP 7.x és Postgres 11-re. A szerverek egy résztét már átállítottuk Postgres 11-re. PHP7 mindenütt át lett állítva.

4) Projektenkénti egyéni mobil alkalmazás elkészítésének lehetőségét kezdtük el kidolgozni, ami azóta elkészült. Az egyéni mobil-app azt jelenti, hogy minden egyes projekt az aktuális legújabb mobil-app kiadásból tud egyéni változatot készíteni magának bizonyos paraméterek megadásával: Ki lehet cserélni a háttérképet, át lehet szabni a főképernyő menüjét. Ki lehet kapcsolni a szerverválasztás és projektválasztást. A kísérleti nyúl a DDNPI hóvirág projektje lesz, ami rövidesen indul.

5) Projekt export-import modul. Ez majd lehetővé teszi projektek költöztetését szerverek között. Egyelőre nem lesz befejezve.

6) Custom-box - HRSZ Query modul módosítások, javítások és dokumentáció készítése. A BNPI-nél most már van HRSZ és Erdőrészlet kereső/lekérdező felület is ezzel a modullal!

7) Hiba javítások:
- feltöltő tábla
- text-filte modul

8) SHP Export modul készült

9) Eredmény táblák dinamikus oszlop méretezésének lehetősége.

III. Biological databases and data storage workshop
http://zoology.unideb.hu/meetings/BiolAdat-III/

III. Autumn Coding

Biological databases and data storing pre-congress meeting: Course and code-camp

OpenBioMaps course and field practice

THE EU BIODIVERSITY STRATEGY BEYOND 2020 Research insights and needs for biodiversity and ecosystem services in Europe Workshop: The policy implications of citizen science: how citizen science could support better policy formulation, implementation and assessment.

The Fertő-Hanság National Park has joined to the OpenBioMaps Consortium

On the importance of sustainable online biodiversity data and the role of OpenBioMaps in this

NBMR ülés: "Mi az OpenBioMaps?" by Sándor Bérces

"OpenBioMaps: fenntartható környezet biológiai adatoknak" by Balázs Bozoki

I. Winter Coding

Data queries, map interface usage course for the staff of the Hortobágy National Park

introduction and project administration

Admin course at Danube-Ipoly National Park
The program plan:

• Create and set up a new project
• What's new in OBM 3.1
• Module settings
• Curiosities for setting up and using forms

Presentation of the OBM to the staff of the Hortobágy National Park (Ákos Gáspár)

Working on the OBM docker edition

Working on the OBM docker edition

The OBM mobile app has been released on Google Play

Working on the OBM docker edition

Working on the OBM docker edition

Data queries and map interface usage course for the staff of Bükk National Park (Attila Ferenc).

Working on the OBM docker edition

Working on the OBM docker edition

Docker & Lando

project management

Docker & Lando

Working on the Hungarian Floraatlas and the database of Fertő-Hanság National Park

Working on OBM-Docker

II. Biological databases and data storage workshop

II. Autumn Coding

Presentation of OpenBioMaps to the staff of the Őrség National Park

I. OpenBioMaps " Autumn Coding "
At this open event,
- We will installing a new OpenBioMap server for the Bükk National Park,
- We will discussing some coding problems of the web interface,
- We will developing spatiaLite support (data import and export).

Duna-Dráva National Park has joined to the OpenBioMaps Consortium

Romania's largest non-governmental open access biological repositories. 19. Biologist Days in Cluj-Napoca (Attila Marton, Gábor Bóné, Zsolt Hegyeli, István Kovács, Attila András Nagy, Tibor Sos, Miklós Bán)

DINPI Adatfeltöltés hogyan kurzus

OpenBirdMaps o bază de date dedicată colectării și publicării de observații ale păsărilor sălbatice din România

Introduction and database management course for the staff of the Danube-Drava National Park.

Fertő-Hanság National Park: OpenBioMaps management and usage.

BID-REX Interreg meeting.

in Hungarian National Workshop on Open Science. Miklós Bán was an invited speaker related to OpenBioMaps project. http://www.open-access.hu/hir/20171107_hungarian-national-workshop-open-science

XI. Magyar Természetvédelmi Biológiai Konferencia

OA WEEK: Closed data in an open system. OpenBioMaps: a model system for managing hard-to-access biodiversity research data. (Miklós Bán)

OA WEEK: Closed data in an open system. OpenBioMaps: a model system for managing hard-to-access biodiversity research data. (Miklós Bán)

Evolúciós Állattani Szemináriumok - Nyitott és zárt adatbázisok kutatási és természetvédelmi adatoknak: OpenBioMaps

Thor Bootcamp - Permanent IDentifiers on OpenBioMaps (an open conversation and research data management system)

Evolutionary Zoology Seminars

Working on the plover database

Working on the Sex Ratio Evolution metadatabase

Milvus database migration and developer meeting

Introduction, uploading and retrieving data via the web interface, in R and QGis (Miklós Bán)

Lószúnyog (Tipulidae, Diptera) fauna regionális elemzése a romániai Kárpátokban. 18th Kolozsvári Biológus Napok. Veres Róbert, Keresztes Lujza, Kolcsár Levente-Péter

Cross-platform Mobile Development for Spatial Biological Databases. 10th International Conference on Applied Informatics. Csaba Szugyiczki, Viktória Kurják, Gergely Kovásznai and Miklós Bán

DINPI OpenBioMaps szerver beüzemelés és adatbázis migráció

Platform-independent mobile application development within the OpenBioMaps project. OTDK lecture by Viktoria Kurják

OpenBioMaps tutorial

I. OpenBioMaps workshop

OpenBioMaps - technical background, Bán Miklós

OpenBioMaps - an open tool for conservation and science

Open data in science and conservation. Biologist days - Miklós Bán, Sándor Bérces

Eszterházy Károly University (EKTF / EKE) has joined the OpenBioMaps Consortium

First online meeting of the Consortium.

OpenBioMaps - a tool for public data collection and data mining through the example of wildlife mortality data. Science Day DAB, Debrecen, Miklós Bán

Duna-Ipoly National Park, University of Debrecen, Eötvös Lorád University, WWF

Milvus database development

Milvus database meeting

A biodiverzitási információk gyűjtéséről és megosztásáról, Bán Miklós, Magyar Tudomány

IX. Magyar Természetvédelmi Biológiai Konferencia, Egy poszter az OpenBioMapsról (Bérces Sándor & Bán Miklós)

I. Biological databases and data storage workshop.
http://zoology.unideb.hu/meetings/BiolAdat-I/

Consortium preparatory meeting

OpenBioMaps: Szabad felhasználású, webes, GIS adatbázisok élőlények elterjedési adatainak nyilvántartására.
Nyílt forráskódú tériformatika munkaértekezlet, BME Általános- és Felsőgeodézia tanszék. Bérces Sándor & Bán Miklós

Opan access and free to use GIS database framework for biological research, Ecologist TEA, Miklós Bán, Sándor Bérces

Open access and free GIS database framework for biological studies. EUROPARC Conference 2013, Workshop 03 Nature that counts - Monitoring biodiversity, Bán Miklós & Bérces Sándor

Free to use web biological map databases. 4th GIS Conference and Exhibition “The Meeting of Theory and Practice”, Miklós Bán & Sándor Bérces

First presentation of OpenBioMaps idea: Open web map databases, Ecological Congress, Miklós Bán & Sándor Bérces